YPVS
ヤマハの可変排気バルブシステム。左右のシリンダー間にあるジョイント（先端が二股になっている）を上下に動かしてみて、
カタカタとガタがあれば要整備。ガタが小さいうちはジョイントのみの交換で修理可能だが、ひどくなるとバルブ自体も交換が必要。
バルブまで交換すると、部品代だけで３万円オーバーなので要注意。
フロントフォークのフェンダー取付け部の欠け
薄すぎて強度が足りないようで、破損しているタマが多い。アウターチューブは欠品（初期型のみ？）なので簡単に修理出来ない。
溶接すれば形状を作ることは可能だと思いますが、チューブに歪みが出てストロークがスムースでなくなる恐れあり？
レギュレター
この年代のヤマハ車のレギュレターは故障しやすい。故障すると充電不良または過充電になる。
対策としては交換するしかないのだが、間違ってもヤフオクの中古品などは買わないこと。同じように故障している可能性が高い。
現時点で故障していなくても、将来的には故障する可能性が高いのでオリジナルのままであれば交換をすすめる。
対策された純正の新品は高価なので、台湾ヤマハのマジェスティ125用、カワサキスーパーシェルパ用などの流用がおすすめ。
コネクタは同じで、ボルトの長さだけ変えればポン付け可能。
シフトペダルのガタ
R1-Zに限った話しではないけれど、シフトペダルのピボット部が摩耗でガタガタになっているタマが多い。
ブッシュが無く、スティール同士のせいのようだ。
シフトペダルリンクのガタ
ボルトが緩みやすく、ガタが出やすく、放置しておくとエンジン側のスプラインを傷めてしまう。
ワイヤリングと定期的なチェックを。
クランクケースの破損
２ストオイルのレベルゲージからのオイル漏れ